Mark- och miljödomstolen hanterar också vissa specialmål enligt bland annat ellagen, minerallagen och lagen om handel med utsläppsrätter. Några exempel på dessa mål är:
Nätkoncessioner enligt ellagen
Beslut om nätkoncessioner enligt ellagen (1997:857) överklagas till mark- och miljödomstol. Eftersom Energimarknadsinspektionen, som fattar denna typ av beslut, har sitt säte inom domsområdet för mark- och miljödomstolen i Nacka, så hanteras överprövningen av dessa beslut av den domstolen.
Vissa beslut enligt minerallagen
Beslut av bergmästaren om arbetsplan för undersökningskoncession, ersättningar, markanvisning och tvister överklagas till mark- och miljödomstolen i det område där koncessionen är belägen.
Tillstånd med mera enligt lagen om handel med utsläppsrätter
Länsstyrelsens beslut om tillstånd enligt denna lag överklagas till mark- och miljödomstol i det område där länsstyrelsen är belägen.
Naturvårdsverkets beslut om tilldelning av utsläppsrätter med mera överklagas till mark- och miljödomstolen vid Nacka tingsrätt.
Diverse EU-förordningar
Vissa centrala myndigheter har uppgifter som följer direkt av EU-förordningar. Dessa beslut kan överklagas till mark- och miljödomstolen i den domsaga där den centrala myndigheten har sitt säte.